Flakstad kommune er et havnedistrikt og består av 5 havner, derav 3 av disse er fiskerihavner. Det er inngått et samarbeid mellom Flakstad havn og Vestvågøy havnedistrikt under navnet Lofoten Havn. 

Samarbeidet Lofoten Havn har gitt de to kommunen et felles system for overvåking, fakturering, regulativer og avfallsplaner og havneområde.